斑马鱼SIX基因亚簇的重叠转录本Six2a-OT和Six6b-OT的功能探究

发布时间：2024-01-03 14:20

　　长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指序列长度大于200 bp,不编码蛋白质的一类RNA。随着研究的深入,关于lncRNA参与基因的表达调控、疾病致病机理的报道越来越多,并且越来越多的长链非编码RNA序列被发现、其生物学功能被揭示。我们发现在斑马鱼信息网络数据库(The Zebrafish Information Network,ZFIN)中存在两条跨越SIX基因亚簇的LncRNA基因,它们分别是位于第13号染色体的LncRNA Six2a-OT基因(ENSDARG00000094301.1)和位于第20号染色体上的LncRNA Six6b-OT基因(ENSDARG00000096560.1)。其中Six2a-OT基因与six2a-six3a基因亚簇位于第13号染色体上,转录产物为Six2a-OT(six2a overlapping transcript lncRNA,648bp);Six6b-OT基因与six6b-six1b-six4b亚簇位于第20号染色体上,转录产物为Six6b-OT(six6b overlapping transcript ...

【文章页数】：62 页

【学位级别】：硕士

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摘要
abstract
缩略词
第一部分 引言
    1.1 非编码RNA
        1.1.1 LncRNASix2a-OT
        1.1.2 LncRNASix6b-OT
    1.2 SIX基因家族及SIX基因亚簇
    1.3 LncRNA与SIX基因亚簇在染色体上的位置关系
第二部分 实验方法探究LncRNA生物学功能
    2.1 引言
    2.2 斑马鱼品系和饲养方法
    2.3 总RNA的提取和cDNA的制备
    2.4 LncRNA基因的外显子测序
    2.5 qPCR实验方法及数据分析
        2.5.1 引物设计
        2.5.2 qPCR实验操作步骤(SYBRGreen染料法)
        2.5.3 Six2a-OT、Six6b-OT在斑马鱼性腺和胚胎早期的表达差异
        2.5.4 Six2a-OT、Six6b-OT在斑马鱼卵巢支持细胞和生殖细胞的表达差异
        2.5.5 Six2a-OT和Six2a-OTuns在AB斑马鱼胚胎早期的表达差异
        2.5.6 SIX基因亚簇各成员在斑马鱼性腺及胚胎发育早期的表达差异
    2.6 整胚原位杂交实验方法及结果分析
        2.6.1 固定胚胎
        2.6.2 反义RNA探针的制备
        2.6.3 整胚原位杂交实验操作步骤
        2.6.4 显微观察及拍照：
        2.6.5 Six2a-OT和Six6b-OT的时空表达模式
    2.7 显微注射Morpholino敲低Six2a-OT的表达
        2.7.1 Morpholino设计
        2.7.2 显微注射Morpholino实验操作步骤
        2.7.3 观察注射Six2a-OTMo组与StandardMo组的胚胎发育情况
        2.7.4 检验Morpholino效果
        2.7.5 检测Six2a-OTMo组中six2a-six3a基因亚簇的表达量变化
    2.8 本章小结
第三部分 生物信息学方法预测和分析LncRNA
    3.1 引言
    3.2 Six2a-OT的生物信息方法预测和分析
        3.2.1 Six2a-OT的二级结构预测
        3.2.2 Six2a-OTRRI预测
        3.2.3 Six2a-OTRPI预测
    3.3 Six6b-OT的生物信息方法预测和分析
        3.3.1 Six6b-OT的二级结构预测
        3.3.2 Six6b-OTRRI预测
        3.3.3 Six6b-OTRPI预测
    3.4 本章小结
第四部分 结论
参考文献
致谢



本文编号：3876502