金铁锁WRKY转录因子基因鉴定及其蛋白序列特征和功能特性分析

发布时间：2024-02-26 03:46

　　目的鉴定金铁锁WRKY(PtWRKY)转录因子基因,并分析其蛋白序列特征和功能特性。方法采用生物信息学方法,对具有全长开放阅读框(ORF)的PtWRKY转录因子基因进行鉴定,并对其蛋白理化特征、基序(motif)和保守结构域、系统进化、转录因子结合位点信息及表达模式进行分析。结果于金铁锁转录因子数据库中鉴定出10个具有完整ORF的PtWRKY家族基因,蛋白长度为203～371 aa,分子量为23.0～43.1 kD,均具有WRKYGQK保守结构域。系统聚类分析将10个PtWRKY蛋白、9个人参WRKY蛋白、3个西洋参WRKY蛋白分为4大类群,金铁锁、人参WRKY转录因子有着较高的同源性。转录因子结合位点(TFBS)预测分析发现,10个PtWRKY存在3个潜在的TFBS。PtWRKY基因表达模式分析显示,多数PtWRKY在根中表达量较高。在根中高表达的基因主要集中在IIc及IId亚型。结论本实验首次从金铁锁中得到PtWRKY基因,可为进一步研究该转录因子调控药材中五环三萜皂苷合成的生物机理及作用提供依据。

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【部分图文】：

图1金铁锁WRKY基因结构分析

通过同源比对及开放阅读框(ORF)预测,从PtWRKY转录组数据库273条序列中得到10条具有完整ORF的PtWRKY序列,开放阅读框612bp(DN23488_c0g1)～1116bp(DN23438_c0g4)。通过基因结构分析(图1)发现,DN21294_c0g3、....

图3金铁锁、人参、西洋参WRKY蛋白的系统进化树

通过MEGA6.0,以10个PtWRKY、9个人参WRKY(PgWRKY)、3个西洋参WRKY(PqWRKY)转录因子序列构建系统进化树,通过已知的人参、西洋参WRKY功能鉴定同源金铁锁WRKY,从而预测了解后者功能,结果见图3。由此可知,12个WRKY转录因子分为4个大类Cla....

图2金铁锁WRKY蛋白基序分析

表1金铁锁WRKY蛋白理化特征PtWRKY名称ORF/bp编码氨基酸/aa分子式理论pI相对分子量/kD亲水系数DN13381_c0g1678225C1058H1662N298O358S96.0725.0-0.823DN19980_c0g2903....

图4金铁锁WRKY转录因子结合位点的分析

转录因子蛋白调控特定基因的表达是通过与目的基因5′端上游部分的转录因子结合位点TFBS(transcriptionfactorbindingsite)特异性结合来实现的[22],研究表明TFBS具有保守性,有相同或相似的该序列就可结合相同的转录因子[23]。将PtWRKY转....

本文编号：3911282