基于TCGA数据库分析肝癌miRNA及其靶基因的预后意义

发布时间：2024-02-28 09:52

　　目的:通过生物信息学分析筛选与肝癌预后有关的miRNA及其调控的靶基因,为开发肝癌新的预后标志物及治疗策略提供新思路。方法:利用来自TCGA数据库中肝癌的miRNA表达数据、mRNA表达数据和临床预后数据,利用R软件中的limma包和survival包对miRNA进行差异表达分析和预后分析,利用多个数据库对具有预后意义的miRNA进行靶基因预测并降维得到高置信度的靶基因集,对所有靶基因进行GO、KEGG和蛋白进行互作网络分析;对筛选出来的枢纽基因在肝癌中的预后意义进行分析,并对其激酶靶点进行预测。结果:通过差异分析和预后分析筛选出4个可以作为肝癌预后标志物的miRNA;通过进一步预测其靶基因并结合蛋白互作网络分析,得到3个枢纽基因,其中EZH2可以作为肝癌的预后标志物;靶基因的富集分析表明基因主要富集在血管生成、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、粘着斑通路等方面。结论:从本研究中挖掘出4个miRNA可以作为肝癌的潜在预后标志物,同时在其调控靶基因网络中SRC、EZH2和PRKCA是重要的调控结点,且EZH2作为肝癌潜在预后标志物具有较好的研究价值。

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【部分图文】：

图1肝癌中miRNA和mRNA的差异基因分析

对肝癌中miRNA和mRNA在癌组织和癌旁组织的表达数据进行差异分析,共得到5800个差异表达mRNA和130个差异表达miRNA。其中表达上调的mRNA4726个,表达下调的mRNA1076个(图1-A);而差异表达的miRNA中,38个表达上调,97个表达出现下调(....

图25个表达上调miRNA的生存分析曲线

为进一步筛选在肝癌中具有预后意义的miRNA,我们对筛选得到的差异表达miRNA进行Kaplan-Meier生存分析,筛选获得25个具有预后意义的miRNA(log-ranktest,P<0.05),其中5个在肝癌中表达上调。分别为hsa-miR-9-5p、hsa-miR-13....

图3韦恩图展示5个miRNA靶基因

通过使用miRDB、TargetScan、StarBase这3个miRNA数据库的预测结果,得到由4个miRNA调控的靶基因。为进一步筛选在肝癌中具有差异表达意义的靶基因,结合mRNA的差异分析结果,最终得到235个差异表达的靶基因,其中hsa-miR-1180-3p调控7个,h....

图4靶基因集GO富集分析和kegg通路富集分析

我们对235个差异表达的靶基因进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,GO分析结果显示,靶基因主要富集于血管生成和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控(BP),细胞核和内质网(CC),DNA序列特异性结合和转录激活因子活性调控(MF)。KEGG通路富集分析结果表明,基因主要在上皮细胞....

本文编号：3913680