非生物胁迫下白桦ERF基因的表达及生物信息学分析

发布时间：2024-04-08 03:13

　　本研究对3个白桦AP2/ERF家族基因进行了生物信息学分析,并研究了盐和干旱胁迫下白桦ERF基因的表达模式。结果表明,bERF1和bERF2蛋白定位在细胞核内,而bERF3蛋白则定位在叶绿体上;三个基因都含有磷酸化位点;bERF1、bERF2和bERF3基因都属于ERF家族的ERF亚家族,bERF1和bERF2属于B-1组,与拟南芥的AT1G28360.1同源性最高,B-1组的拟南芥ERF基因都属于转录抑制子,说明bERF1和bERF2基因可能具有转录抑制作用;bERF3属于B-5组,与拟南芥的AT4G11140.1同源性最高。3个ERF基因都可以响应盐和干旱胁迫,并且在不同组织中表达量存在差异。

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【部分图文】：

图1ERF蛋白的磷酸化位点分析

通过软件预测3个ERF蛋白的磷酸化位点，结果表明，bERF1蛋白共含有4个磷酸化位点，包括3个丝氨酸磷酸化位点，1个苏氨酸磷酸化位点；bERF2蛋白含有16个磷酸化位点11个丝氨酸磷酸化位点，5个苏氨酸磷酸化位点；bERF3蛋白含有11个丝氨酸磷酸化位点，6个苏氨酸磷酸化位点，1....

图2bERF1,bERF2和bERF3蛋白的三级结构预测模型

3个白桦ERF基因和21个拟南芥ERF基因都具有1个保守的AP2结构域，保守结构域都包含3个β折叠和1个α螺旋，白桦ERF基因和拟南芥ERF基因具有较高的同源性。bERF1、bERF2和bERF3蛋白和部分拟南芥ERF蛋白的14位和19位氨基酸是丙氨酸(A)和天冬氨酸(D)，说明....

图3白桦和拟南芥ERF基因AP2结构域的多序列比对

bERF1、bERF2和bERF3基因可以被NaCl胁迫所诱导，但在根、茎和叶中的表达模式存在差异。bERF1基因除了在叶和根的个别时间点外，在根、茎和叶中都呈下调表达趋势，在茎中下调表达明显，在胁迫6h时表达量最低，为对照表达量的0.12倍。bERF2和bERF3基因在叶中都....

图4白桦和拟南芥ERF基因的系统进化分析

图3白桦和拟南芥ERF基因AP2结构域的多序列比对在PEG胁迫下，bERF1基因的表达模式与NaCl胁迫下表达模式相似，在根、茎、叶中基本都呈下调表达趋势。bERF2基因在叶中呈上调表达趋势，在胁迫6h时表达量最高，为对照的3.48倍，在根中的各时间点都呈明显的下调表达趋势....

本文编号：3948398