毛果杨基因数据库搭建以及可视化平台的实现

发布时间：2020-05-19 19:07

【摘要】：在生物信息研究领域,对于植物基因组的研究是非常重要的热点领域。在拟南芥这一植物测序工作的里程碑模式生物完全测序之后,对一百多种植物物种的DNA序列的测序工作接连完成,其中毛果杨就是其中一种典型的可供科研工作者深入的模式植物物种。但是这些不用国家的科研工作者在研究过程中,产生的各类数据都无序或有序的存储在不同的数据库中,缺乏一个针对毛果杨这个重要模式生物,建立的一个专门的数据可视化平台,以供科研人员在对毛果杨进行研究的过程中更直接、快捷的获取数据——不仅能简单的获得别的数据库网站没有存储的数据,还能够使用一些生物信息技术的进行研究工作,于是本课题建立了一个专门的毛果杨生物数据可视化平台。这个平台被设计为一个基于Django网络框架的网站形式,通过集成毛果杨的大量生物信息数据,整理并数据可视化,为相关的科研人员提过获取数据、数据分析的一个平台。本文主要成果:(1)通过对收录毛果杨不同数据库的研究,汇集了各类数据,并理解和阐明了不同类型的数据的意义和获取方法。(2)通过研究目的出发对网站系统的需求分析,并在这些需求分析的基础上,进行了主题框架、数据库、功能模块,以此对用户行为行为进行了模拟。(3)对每一个功能模块的搭建方法进行了具体的解释和陈述,然后每一个功能模块的完成情况进行了呈现。介绍了整个毛果杨基因数据平台的部署和对其进行的系统测试,保证平台的可靠性和完整性。最后经过一段时间的设计、开发、测试工作后,该毛果杨生物数据可视化平台完成了设计前期的目标和想法,实现了一个整合毛果杨生物大数据,为科研人员提过数据便利以及研究便利的一个数据平台网站。
【图文】：

第 3 章 毛果杨生物数据的整理与分析方法3.1 毛果杨生物信息数据来源和类型3.1.1 常见的生物数据格式FASTA 格式Fasta 格式是最常见的存储脱氧核糖核酸碱基序列或者是蛋白质氨基酸序列的文件格式，在 Fasta 中每一条 DNA 序列或者蛋白质序列都通过两行数据的形式进行存储。第一行一般描述了该条序列的名称（转录本、基因、各 RNA）以及来源（数据库、测序平台），，还有可能会提供位置信息、数据的版本号，最重要的是这一行通常以“>” 符号作为起始信息。然后第二行就承载了具体的序列信息。如下图 3-所示。

图 3-2 测序质量 Fastq 文件示意图GFF 格式GFF 格式是最普遍的的一种生物信息注释文件格式，收到了许多生物信息软件的广泛支持，其中也包括 JBrowse、ABrowse 等基因数据浏览器。GFF的开头几行都以“##”开头，说明了文件的 GFF 格式版本，文件的具体信息等等。GFF 格式文件的主体内容是“\t”间隔的九条属性，分别是序列的编号、来源、类型、在序列上的起始位置、在在序列上的终止位置、得分、正负链、起始编码位置（仅开放阅读框）以及更多描述。如下图 所示。
【学位授予单位】：哈尔滨工业大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2019
【分类号】：Q943;TP311.13

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本文编号：2671340