桃TCP转录因子家族的鉴定与分析

发布时间：2022-02-15 06:23

　　TCP基因家族是含有bHLH基序的植物特有转录因子,广泛参与植物的多种生物过程。为了解桃（Prunus persica）中TCP家族的成员和特征,本研究基于其全基因组组装及注释数据,首次在桃基因组中对TCP基因进行了系统鉴定,并进行了染色体定位、蛋白特征、基因结构、进化关系、启动子区域顺式元件分析。结果显示:桃基因组中共有20个TCP家族成员,在7条染色体上均有分布,其推导蛋白的长度、分子量和等电点差异较大。大部分TCP基因不含有内含子,基因结构较为简单。桃TCP基因家族含有植物TCP家族的所有类别,每一类别均含有保守的且能明显区别于其他类别的特征。TCP基因家族的启动子区域含大量光应答、激素响应等顺式作用元件,与该基因家族功能的多样性一致。本研究初步探索了桃基因组中TCP基因家族的特征,为后期该基因家族在桃中的功能验证提供了理论支撑。 

【文章来源】：分子植物育种. 2020,18(16)北大核心CSCD

【文章页数】：7 页

【部分图文】：

桃TCP家族基因结构

桃、拟南芥和水稻TCP家族进化树

将桃TCP基因上游2 000 bp非编码序列提交到在线程序(PlantCARE)上预测启动子区域可能含有的顺式作用元件，发现所有TCP基因的启动子均含有基因启动的核心基序TATA-box和CAAT-box(数据未展示)。对鉴别到的顺式元件进行统计，发现桃TCP基因启动子含有响应元件的种类较多，包括光应答、应激响应和多种激素响应元件，例如茉莉酸甲酯、生长素、赤霉素等响应元件。所有基因的启动子均含有光应答元件，大部分基因的启动子含有厌氧诱导、生长素响应、茉莉酸甲酯响应、脱落酸响应等激素响应元件。Prupe.2G288000和Prupe.4G171100启动子含有种子特异调控元件；Prupe.2G288000和Prupe.4G083500启动子含有伤口响应元件；Prupe.2G152-600特异含有黄酮类基因调控元件；Prupe.3G252600启动子特异含有栅栏叶肉细胞分化调控元件(图5)。图4 桃TCP基因家族在染色体上的分布


本文编号：3626092