海拔对两栖动物共生微生物（体表和肠道微生物）的影响

发布时间：2022-02-23 18:46

　　共生微生物在宿主的营养摄入、生长发育、个体健康和疾病免疫中起着重要作用。并且,在近几年的研究中共生微生物（如肠道、皮肤微生物等）与环境因素（如海拔、温度）之间潜在的协同进化是微生物生态学的基本问题之一。研究指出,不同海拔下动物共生微生物（体表和肠道微生物）在菌群组成以及结构上出现明显差异。此外,海拔还可以降低宿主的组成多样性。目前的研究主要侧重兽类、哺乳类和鸟类,而关于两栖类的研究偏少。鉴于这个有趣的科学问题（宿主及其共生微生物的协同进化）,我们利用高通量测序技术（细菌16S核糖体基因的MISEQ技术）对不同海拔地区的野生两栖类的共生微生物（体表和肠道）进行了研究,以期提供一些基础资料,丰富该研究内容。（1）在低海拔地区,我们于2018年5月份在乐山选取了7个采样位点,海拔范围为:360-446米,采集两栖动物5种:中华蟾蜍（Bufo gargarizans）、饰纹姬蛙（Microhyla fissipes）、黑斑侧褶蛙（Pelophylax nigromaculata）、峨眉林蛙（Rana omeimontis）和泽陆蛙（Fejervarya limnocharis）,共获得155份... 

【文章来源】：南京师范大学江苏省211工程院校

【文章页数】：71 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
Abstract
第1章 文献综述
    1.1 两栖动物共生微生物的研究概述
    1.2 共生微生物研究技术—16S rRNA分析
    1.3 影响共生微生物的因素
        1.3.1 宿主的系统发生地位
        1.3.2 宿主的食物组成
        1.3.3 栖息环境
        1.3.4 海拔
        1.3.5 其他因素
    1.4 共生微生物与功能
        1.4.1 共生微生物与疾病免疫
        1.4.2 共生微生物与环境适应
    1.5 本研究的目的与意义
第2章 低海拔两栖动物共生微生物(体表和肠道微生物)的多样性分析
    2.1 引言
    2.2 材料与方法
        2.2.1 微生物样本采集
        2.2.2 DNA提取
        2.2.3 16S rRNA基因测序和多样性分析
    2.3 16S rRNA多样性分析结果
        2.3.1 样品覆盖度
        2.3.2 同一地点不同物种下共生微生物组成与比较
        2.3.3 同一物种不同地点下共生微生物组成与结构比较
        2.3.4 不同物种下共生微生物α多样性分析
        2.3.5 不同地点不同物种下共生微生物β多样性分析
    2.4 讨论
        2.4.1 宿主系统发生地位与两栖动物共生微生物关联分析
        2.4.2 栖息环境与两栖动物共生微生物关联分析
第3章 高海拔两栖动物共生微生物(体表和肠道微生物)的多样性分析
    3.1 引言
    3.2 材料与方法
        3.2.1 微生物样本采集与前处理
        3.2.2 DNA提取
        3.2.3 16S rRNA基因测序和多样性分析
        3.2.4 统计学分析
    3.3 16S rRNA多样性分析结果
        3.3.1 样品覆盖度
        3.3.2 高海拔两栖物种共生微生物组成与比较
        3.3.3 高海拔两栖物种共生微生物α多样性分析
        3.3.4 高海拔两栖物种共生微生物β多样性分析
    3.4 讨论
        3.4.1 高海拔两栖动物共生微生物组成与环境适应
        3.4.2 宿主系统发生地位对两栖动物共生微生物多样性的影响
第4章 海拔对两栖动物共生微生物(体表和肠道微生物)的影响
    4.1 引言
    4.2 材料与方法
        4.2.1 微生物样本采集与前处理
        4.2.2 DNA提取
        4.2.3 16S rRNA基因测序和多样性分析
        4.2.4 统计学分析
    4.3 16S rRNA多样性分析结果
        4.3.1 样品覆盖度
        4.3.2 不同两栖动物共生微生物变化
        4.3.3 高低海拔两栖物种共生微生物多样性分析
        4.3.4 共生微生物表型预测
        4.3.5 高低海拔两栖物种共生微生物与环境微生物的关联性
    4.4 讨论
        4.4.1 特定的共生微生物群与高原环境的选择性
        4.4.2 高海拔环境可能会降低共生微生物群落的α多样性和β多样性
        4.4.3 共生菌的特殊表型可能反映了高原环境的适应性
        4.4.4 体表和肠道微生物:生活在不同的生态位
结论与展望
参考文献
在读期间已(待)发表的学术论文
致谢


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于COI基因序列的饰纹姬蛙四川盆地种群遗传多样性[J]. 张梦洁,徐亮亮,张婧,常青,王斌,朱立峰,江建平.  应用与环境生物学报. 2018(05)
[2]动物适应性进化研究的新视角:动物肠道微生物组[J]. 魏辅文.  中国科学:生命科学. 2016(11)
[3]林蛙属3物种皮肤的组织结构比较[J]. 米志平,廖文波.  动物学杂志. 2016(05)
[4]中国两栖动物受威胁现状评估[J]. 江建平,谢锋,臧春鑫,蔡蕾,李成,王斌,李家堂,王杰,胡军华,王燕,刘炯宇.  生物多样性. 2016(05)
[5]四种水体微生物总DNA提取方法的比较[J]. 赖树锦,郭佳,陶新园,李阳,杨振飞,陈鑫,李晓华.  湖北农业科学. 2014(10)
[6]无指盘臭蛙（Odorrana grahami）典型栖息地环境微生物季节变化[J]. 陈贵英,刘炯宇,江建平,谢锋,李维.  四川师范大学学报(自然科学版). 2013(05)
[7]金线侧褶蛙和黑斑侧褶蛙皮肤显微结构[J]. 王丽,徐珂,李晏宇,班悦,魏博,崔蕴博,陈晓虹.  河南师范大学学报(自然科学版). 2010(06)
[8]林蛙肠道中乳酸菌的分离及鉴定[J]. 王开艳,朱明秋,李艳茹,张宗植,周末,白雪梅,李太元.  水产科学. 2009(08)
[9]甘孜和凉山地区两栖类和爬行类动物多样性研究[J]. 谢伟,樊华,陈俊华,隆廷伦,刘兴良,蔡小虎,何亚平,何飞,刘伟,张绵跃.  四川林业科技. 2009(03)
[10]基于16S RNA序列的哺乳仔猪和断奶仔猪回肠微生物多样性分析（英文）[J]. 王升平,柏美娟,孔祥峰,吴信,黄瑞林,李铁军,印遇龙.  Animal Husbandry and Feed Science. 2009(Z1)

博士论文
[1]高原土著动物适应性进化分子机制探讨[D]. 周太成.云南大学 2015
[2]藏鸡高原低氧适应生理机制及其杂交利用研究[D]. 张浩.中国农业大学 2005

硕士论文
[1]四川省乐山市生态环境遥感动态监测[D]. 漆小英.成都理工大学 2008
[2]若尔盖湿地3种两栖类的种间竞争及畜牧业对其食性的影响[D]. 张晋东.中国科学院研究生院（成都生物研究所） 2006



本文编号：3641158