基因Ⅵj亚型鸽源NDV的分离鉴定和不同基因型NDV对鸽的致病性与转录组学的研究
发布时间：2022-10-11 13:33
新城疫病毒（Newcastle disease viruses,NDV）是危害家禽业的重要病原之一,可引起鸽发生新城疫（Newcastle disease,ND）,也称鸽Ⅰ型副黏病毒（Pigeon paramyxovirus type 1,PPMV-1）病。近十年,该病常在我国肉鸽群发生和流行,给养鸽业造成巨大的经济损失。为了探究广西鸽新城疫的流行情况及不同基因型NDV对鸽的致病性和NDV感染鸽的转录组学的差异,本研究进行了鸽NDV流行毒株的分离鉴定,并用三株不同基因型NDV毒株进行鸽的致病性试验及感染鸽的转录组测序并验证。主要研究内容和结果如下:1、本研究采集最近冬季发生的鸽新城疫病例临床样品,进行样品检测和NDV的分离鉴定,结果分离到一株鸽源NDV毒株,命名为Pi/CH/GX1220/2019株。对分离株的F基因进行克隆和基因序列分析,结果表明,分离株F蛋白裂解位点氨基酸基序为112RRQKRF117,符合NDV强毒株裂解位点的特征;Pi/CH/GX1220/2019属于基因VI.2.1.1.2.1（VIj）NDV;遗传进化分析发现该分离...
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
主要中英文简写对照表
第一章 综述
1.1 新城疫病毒概述
1.2 鸽源新城疫的流行病学
1.3 NDV对鸽的致病性
1.3.1 NDV对鸽的致病特点
1.3.2 鸽源NDV致病的分子机制
1.4 NDV感染宿主鸽的免疫应答
1.4.1 RIG-I样信号通路
1.4.2 细胞凋亡
1.5 RNA-Seq技术
1.5.1 RNA-Seq概述
1.5.2 RNA-Seq测序的应用
1.6 实时荧光定量RT-PCR
1.7 本研究的目的意义
第二章 一株基因Ⅵ .2.1.1.2.1(Ⅵj)亚型鸽源NDV分离鉴定及遗传进化分析
2.1 材料
2.1.1 病料来源及背景
2.1.2 实验主要动物、试剂和仪器
2.1.3 引物
2.1.4 序列收集
2.2 实验方法
2.2.1 病毒的分离
2.2.2 血凝试验(HA)与血凝抑制试验(HI)
2.2.3 RT-PCR扩增鉴定及强弱毒分型
2.2.4 其他病毒的排除试验
2.2.5 分离株F基因的克隆测序
2.2.6 遗传进化分析
2.3 实验结果
2.3.1 病毒分离鉴定结果
2.3.2 RT-PCR鉴定及强弱毒分型结果
2.3.3 其他病毒的排除试验结果
2.3.4 分离株F基因测序与分析结果
2.3.5 遗传进化分析结果
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 三株不同基因型NDV对鸽致病性及宿主应答差异研究
3.1 材料
3.1.1 病毒
3.1.2 试验动物
3.1.3 试剂
3.2 实验方法
3.2.1 动物试验
3.2.2 抗体检测
3.2.3 检测感染鸽脾脏病毒载量
3.2.4 制备病理切片
3.2.5 转录组测序
3.2.6 测序结果分析
3.2.7 差异表达分析
3.3 不同基因型NDV感染鸽子试验结果
3.3.1 发病情况与剖检病变结果
3.3.2 不同基因型NDV感染鸽子抗体效价结果
3.3.3 感染鸽脾脏的病毒载量
3.3.4 病理组织切片结果
3.3.5 转录组数据分析结果
3.3.6 转录组差异表达基因筛选结果
3.3.7 转录组GO数据库注释及显著性富集分析
3.3.8 转录组KEGG数据库注释及显著性富集分析
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 鸽RIG-I样信号通路和细胞凋亡通路相关因子RT-q PCR方法的建立及其在NDV感染鸽表达差异验证
4.1 材料
4.1.1 试验动物
4.1.2 主要试剂和仪器
4.2. 试验方法
4.2.1 引物设计及合成
4.2.2 获得鸽淋巴细胞c DNA
4.2.3 PCR扩增目的基因
4.2.4 目的基因克隆及测序鉴定
4.2.5 质粒标准品的提取与制备
4.2.6 RT-q PCR标准曲线的建立
4.2.7 敏感性和重复性检验
4.2.8 应用建立的好RT-q PCR方法验证基因表达差异
4.3 试验结果
4.3.1 PCR结果
4.3.2 质粒浓度及拷贝数结果
4.3.3 RT-q PCR标准曲线的建立
4.3.4 融解曲线分析结果
4.3.5 敏感性及重复性试验结果
4.3.6 RT-q PCR验证部分免疫相关的差异表达基因结果
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 全文结论
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表论文情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]鸽新城疫诊断与防治[J]. 韦继领. 农家参谋. 2020(04)
[2]禽致病性大肠杆菌ETT2转录因子eivF缺失株的生物学特性及转录组学分析[J]. 傅丹丹,肖亚婷,薛媚,Muhammad Akmal Raheem,冯寒霜,涂健,宋祥军,邵颖,祁克宗. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2020(08)
[3]种鸽新城疫的流行病学调查与诊断[J]. 徐业建. 广西畜牧兽医. 2019(02)
[4]白羽王鸽新城疫的防治措施[J]. 牟旭升. 特种经济动植物. 2019(03)
[5]赛鸽感染新城疫的诊断及抗体水平检测[J]. 李婷婷,刘华栋,陆冰洋,唐娟,王彩先,丁树荣,詹丽娥. 中国动物保健. 2018(11)
[6]鸽新城疫流行新特点及免疫程序[J]. 葛东红,房玉红. 中国畜禽种业. 2018(10)
[7]不同滴度鸭肠炎病毒感染对鸭脾脏的转录组变化分析[J]. 吴良涛,郑敏,华敏,贺欣薇,万润,程振涛,周碧君,文明. 中国兽医学报. 2018(08)
[8]鸽Ⅰ型副黏病毒病（简称鸽瘟）的发生与防治[J]. 孙桂芹. 中国动物保健. 2017(12)
[9]鸽新城疫的诊断及防治措施[J]. 殷秀玲. 科学种养. 2017(10)
[10]RNA-seq在家禽中的应用研究进展[J]. 王坤,刘丽仙,谷大海,徐志强,李琦华,葛长荣,贾俊静. 中国家禽. 2017(15)
博士论文
[1]不同致病型IBV感染对鸡TLR3和TLR7信号通路的影响及ISG影响IBV复制的研究[D]. 何怡宁.广西大学 2019
[2]基因Ⅶd亚型新城疫病毒严重侵害免疫系统的分子基础和宿主机制[D]. 胡增垒.扬州大学 2013
[3]鸽新城疫疫苗的研制及其F基因的克隆表达和生物活性研究[D]. 贺奋义.甘肃农业大学 2012
硕士论文
[1]新城疫病毒JS/17株的分子特性及单克隆抗体的制备[D]. 霍娜.西北农林科技大学 2019
[2]两种基因亚型新城疫病毒体外感染细胞和人工感染鸽的固有免疫应答差异的研究[D]. 苑亚东.广西大学 2018
[3]2014-2016年华东地区新城疫病毒的分离鉴定及遗传进化分析[D]. 刘靖.扬州大学 2017
[4]基因Ⅶd亚型和基因Ⅳ型新城疫病毒对鹅致病性差异的机制[D]. 窦昊.扬州大学 2017
[5]人工感染鸭源新城疫病毒对鸭免疫功能作用的分子机制[D]. 王秋玲.东北农业大学 2016
[6]2011-2015我国部分地区鸽源新城疫病毒分子流行病学调查及鸽新城疫疫苗VIb-I4的免疫效力试验[D]. 赵振振.扬州大学 2016
[7]鸽Ⅰ型副粘病毒的分离鉴定、遗传变异分析与免疫原性研究[D]. 李海琼.广西大学 2014
[8]鸭源新城疫病毒的分离鉴定及其对SPF鸭免疫机能的影响[D]. 崔京腾.山东农业大学 2013
[9]鹅RIG-I在抗NDV先天性免疫中的作用[D]. 丁娜.中国农业科学院 2012
本文编号：3690662
【文章页数】：91 页
【学位级别】：硕士
【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
主要中英文简写对照表
第一章 综述
1.1 新城疫病毒概述
1.2 鸽源新城疫的流行病学
1.3 NDV对鸽的致病性
1.3.1 NDV对鸽的致病特点
1.3.2 鸽源NDV致病的分子机制
1.4 NDV感染宿主鸽的免疫应答
1.4.1 RIG-I样信号通路
1.4.2 细胞凋亡
1.5 RNA-Seq技术
1.5.1 RNA-Seq概述
1.5.2 RNA-Seq测序的应用
1.6 实时荧光定量RT-PCR
1.7 本研究的目的意义
第二章 一株基因Ⅵ .2.1.1.2.1(Ⅵj)亚型鸽源NDV分离鉴定及遗传进化分析
2.1 材料
2.1.1 病料来源及背景
2.1.2 实验主要动物、试剂和仪器
2.1.3 引物
2.1.4 序列收集
2.2 实验方法
2.2.1 病毒的分离
2.2.2 血凝试验(HA)与血凝抑制试验(HI)
2.2.3 RT-PCR扩增鉴定及强弱毒分型
2.2.4 其他病毒的排除试验
2.2.5 分离株F基因的克隆测序
2.2.6 遗传进化分析
2.3 实验结果
2.3.1 病毒分离鉴定结果
2.3.2 RT-PCR鉴定及强弱毒分型结果
2.3.3 其他病毒的排除试验结果
2.3.4 分离株F基因测序与分析结果
2.3.5 遗传进化分析结果
2.4 讨论
2.5 小结
第三章 三株不同基因型NDV对鸽致病性及宿主应答差异研究
3.1 材料
3.1.1 病毒
3.1.2 试验动物
3.1.3 试剂
3.2 实验方法
3.2.1 动物试验
3.2.2 抗体检测
3.2.3 检测感染鸽脾脏病毒载量
3.2.4 制备病理切片
3.2.5 转录组测序
3.2.6 测序结果分析
3.2.7 差异表达分析
3.3 不同基因型NDV感染鸽子试验结果
3.3.1 发病情况与剖检病变结果
3.3.2 不同基因型NDV感染鸽子抗体效价结果
3.3.3 感染鸽脾脏的病毒载量
3.3.4 病理组织切片结果
3.3.5 转录组数据分析结果
3.3.6 转录组差异表达基因筛选结果
3.3.7 转录组GO数据库注释及显著性富集分析
3.3.8 转录组KEGG数据库注释及显著性富集分析
3.4 讨论
3.5 小结
第四章 鸽RIG-I样信号通路和细胞凋亡通路相关因子RT-q PCR方法的建立及其在NDV感染鸽表达差异验证
4.1 材料
4.1.1 试验动物
4.1.2 主要试剂和仪器
4.2. 试验方法
4.2.1 引物设计及合成
4.2.2 获得鸽淋巴细胞c DNA
4.2.3 PCR扩增目的基因
4.2.4 目的基因克隆及测序鉴定
4.2.5 质粒标准品的提取与制备
4.2.6 RT-q PCR标准曲线的建立
4.2.7 敏感性和重复性检验
4.2.8 应用建立的好RT-q PCR方法验证基因表达差异
4.3 试验结果
4.3.1 PCR结果
4.3.2 质粒浓度及拷贝数结果
4.3.3 RT-q PCR标准曲线的建立
4.3.4 融解曲线分析结果
4.3.5 敏感性及重复性试验结果
4.3.6 RT-q PCR验证部分免疫相关的差异表达基因结果
4.4 讨论
4.5 小结
第五章 全文结论
参考文献
致谢
攻读硕士学位期间发表论文情况
【参考文献】：
期刊论文
[1]鸽新城疫诊断与防治[J]. 韦继领. 农家参谋. 2020(04)
[2]禽致病性大肠杆菌ETT2转录因子eivF缺失株的生物学特性及转录组学分析[J]. 傅丹丹,肖亚婷,薛媚,Muhammad Akmal Raheem,冯寒霜,涂健,宋祥军,邵颖,祁克宗. 西北农林科技大学学报(自然科学版). 2020(08)
[3]种鸽新城疫的流行病学调查与诊断[J]. 徐业建. 广西畜牧兽医. 2019(02)
[4]白羽王鸽新城疫的防治措施[J]. 牟旭升. 特种经济动植物. 2019(03)
[5]赛鸽感染新城疫的诊断及抗体水平检测[J]. 李婷婷,刘华栋,陆冰洋,唐娟,王彩先,丁树荣,詹丽娥. 中国动物保健. 2018(11)
[6]鸽新城疫流行新特点及免疫程序[J]. 葛东红,房玉红. 中国畜禽种业. 2018(10)
[7]不同滴度鸭肠炎病毒感染对鸭脾脏的转录组变化分析[J]. 吴良涛,郑敏,华敏,贺欣薇,万润,程振涛,周碧君,文明. 中国兽医学报. 2018(08)
[8]鸽Ⅰ型副黏病毒病（简称鸽瘟）的发生与防治[J]. 孙桂芹. 中国动物保健. 2017(12)
[9]鸽新城疫的诊断及防治措施[J]. 殷秀玲. 科学种养. 2017(10)
[10]RNA-seq在家禽中的应用研究进展[J]. 王坤,刘丽仙,谷大海,徐志强,李琦华,葛长荣,贾俊静. 中国家禽. 2017(15)
博士论文
[1]不同致病型IBV感染对鸡TLR3和TLR7信号通路的影响及ISG影响IBV复制的研究[D]. 何怡宁.广西大学 2019
[2]基因Ⅶd亚型新城疫病毒严重侵害免疫系统的分子基础和宿主机制[D]. 胡增垒.扬州大学 2013
[3]鸽新城疫疫苗的研制及其F基因的克隆表达和生物活性研究[D]. 贺奋义.甘肃农业大学 2012
硕士论文
[1]新城疫病毒JS/17株的分子特性及单克隆抗体的制备[D]. 霍娜.西北农林科技大学 2019
[2]两种基因亚型新城疫病毒体外感染细胞和人工感染鸽的固有免疫应答差异的研究[D]. 苑亚东.广西大学 2018
[3]2014-2016年华东地区新城疫病毒的分离鉴定及遗传进化分析[D]. 刘靖.扬州大学 2017
[4]基因Ⅶd亚型和基因Ⅳ型新城疫病毒对鹅致病性差异的机制[D]. 窦昊.扬州大学 2017
[5]人工感染鸭源新城疫病毒对鸭免疫功能作用的分子机制[D]. 王秋玲.东北农业大学 2016
[6]2011-2015我国部分地区鸽源新城疫病毒分子流行病学调查及鸽新城疫疫苗VIb-I4的免疫效力试验[D]. 赵振振.扬州大学 2016
[7]鸽Ⅰ型副粘病毒的分离鉴定、遗传变异分析与免疫原性研究[D]. 李海琼.广西大学 2014
[8]鸭源新城疫病毒的分离鉴定及其对SPF鸭免疫机能的影响[D]. 崔京腾.山东农业大学 2013
[9]鹅RIG-I在抗NDV先天性免疫中的作用[D]. 丁娜.中国农业科学院 2012
本文编号：3690662
本文链接：https://www.wllwen.com/projectlw/swxlw/3690662.html
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