蛋白质序列的非比对分析方法及其应用

发布时间：2022-12-25 12:15

　　序列相似性分析是生物信息学中的一个重要研究内容。近些年来,数据库中生物序列的数量增长迅速,如何存储、解读、提取这些序列中的有用信息,就变得尤为重要。一般的序列分析方法有两类,传统的比对分析方法存在很多问题:占用内存、耗费时间,难以处理大规模的数据;对于突变率高,元素重组频繁,和发生水平基因转移、基因复制与基因缺失的序列来说准确率较低;多序列比对的精确计算是一个NP-hard难题,多元序列比对的方法不能统一等。为了解决这些问题,近三十年来,一些非比对分析法被大量提出。与DNA序列相比蛋白质序列更为复杂,因此,关于蛋白质序列的非比对分析方法相对较少。本文的研究方向为蛋白质序列的非比对分析,基于氨基酸的物理化学性质提出了两种不同的分析蛋白质序列的新方法:1、根据20种氨基酸的疏水性、极性、侧链的化学组成、等电点、平均质量和范德华体积等六个典型的物理化学性质将氨基酸分类,并用十七种符号重新定义,基于分类后的氨基酸的频率、平均位置和位置方差,定义了一个51维的数值向量来刻画蛋白质序列。在此基础上,选用向量之间的标准化欧式距离来计算蛋白质序列之间的相似性距离,进一步对蛋白质序列进行判别分析和系统进... 

【文章页数】：49 页

【学位级别】：硕士

【文章目录】：
摘要
ABSTRACT
第一章 绪论
    1.1 研究背景及意义
    1.2 研究现状
        1.2.1 非比对分析法
        1.2.2 蛋白质序列非比对分析方法
    1.3 本文的主要工作及结构安排
第二章 基于氨基酸物化性质的蛋白质序列非比对分析法及应用
    2.1 引言
    2.2 基于氨基酸物化性质的蛋白质序列分析
        2.2.1 蛋白质序列特征
        2.2.2 蛋白质序列的数值向量
        2.2.3 序列间的距离计算
        2.2.4 相似性评价方法
    2.3 方法应用
        2.3.1 判别分析
        2.3.2 系统进化分析
    2.4 本章小结
第三章 蛋白质序列的2D非简并图形表示及其应用
    3.1 引言
    3.2 基于氨基酸物化性质的蛋白质序列图形表示
        3.2.1 蛋白质序列的2D非简并图形表示
        3.2.2 相似性分析
    3.3 方法应用
    3.4 本章小结
第四章 结论与讨论
参考文献
致谢
个人简历
发表的学术论文


【参考文献】：
期刊论文
[1]基于自组织映射神经网络的蛋白质序列分析模型[J]. 刘珑龙,马蒙,刘毛娟.  中国海洋大学学报(自然科学版). 2016(07)

博士论文
[1]DNA序列比较中非比对方法的研究及应用[D]. 钱琨.山东大学 2018
[2]生物序列的分析方法及其进化模型研究[D]. 解小莉.西北农林科技大学 2012

硕士论文
[1]生物序列比较算法的研究[D]. 郭晓冬.杭州电子科技大学 2012



本文编号：3726602