基于生物信息学分析子宫内膜异位症的潜在生物标志物和候选治疗药物

发布时间：2024-02-20 22:38

　　目的探究子宫内膜异位症中差异表达基因(DEGs)及其功能,筛选潜在的生物标志物和候选治疗药物。方法磁珠分选异位内膜和正常内膜组织中的基质细胞进行基因表达谱分析;结合GEO数据库中可获取的同平台同类芯片数据,利用limma软件包和经验贝叶斯方法筛选DEGs,并进行GO和KEGG富集分析;查询STRING数据库,进行PPI互作网络分析,筛选核心致病基因;再检索CMAP数据库,筛得类药物小分子。结果 869个基因在异位内膜中表达有显著差异,其中17个上调表达,852个下调表达;GO富集分析显示DEGs多调控受体配体活性、通道活性和被动跨膜转运蛋白活性等功能;KEGG富集分析发现DEGs多介导神经活性配体-受体相互作用通路、细胞因子-细胞因子受体相互作用通路和IL-17信号通路等通路;PPI网络表明FPR2、SAA1、RLN3、CXCL8、FPR1、PF4、CCR7和CXCL5共8个基因是核心致病基因;经CMAP数据库分析认为硫代罗宁和氟硝利嗪可能具有治疗内异症的潜在价值。结论 FPR2、SAA1、RLN3、CXCL8、FPR1、PF4、CCR7和CXCL5共8个基因是子宫内膜异位症潜在的生物...

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【部分图文】：

图2差异基因的功能注释和通路富集分析

图1差异基因的筛选和聚类分析2.4与内异症疾病相关的类药物小分子的筛选

图1差异基因的筛选和聚类分析

为深入挖掘异位内膜组织中核心的致病基因和潜在的生物标志物,将全部差异基因输入STRING数据库预测它们之间的相互作用网络。见图3A。根据各网络节点的度(degree,表示网络中和节点相连路线的条数)筛选出与其他节点蛋白相关性最强的8个核心基因,包括甲酰肽受体2(formylpe....

图3核心差异基因的筛选及表达差异分析

为寻找治疗内异症的候选药物小分子,并为进一步实验验证提供理论依据,将异位内膜组织的差异基因表达谱与CMAP数据库进行比对。包括Prestwick-692、硫代罗宁、氟硝利嗪、苯海索和喹吡罗在内的5个小分子化合物与内异症的关联性最强(表3)。其中,硫代罗宁和氟硝利嗪与病灶中的差异基....

本文编号：3904624