中国汉族人群6个SNPs交互作用与特应性皮炎易感相关性研究

发布时间：2017-05-23 06:13

  本文关键词：中国汉族人群6个SNPs交互作用与特应性皮炎易感相关性研究，，由笔耕文化传播整理发布。

【摘要】：研究背景 特应性皮炎(Atopic Dermatitis,AD)是一种常见的慢性、炎症性、瘙痒性皮肤病,环境、基因、感染等因素在其发病中起到了重要作用。其中,遗传因素在AD的发病机制中发挥了重要作用。基因-基因或环境-基因间交互作用在如银屑病、SLE等常见病的发生中扮演着非常重要的角色。目前已有许多基因-环境因素交互作用对AD发病影响的相关研究,但基因-基因交互作用在AD发病机制中所扮演的角色目前尚少有相关研究对其进行揭示。本研究选取了以往我们研究团队AD全基因组关联研究(Genome Wide Association Study,GWAS)中报道的最显著的6个SNP(single nucleotide polymorphism)点(P10E-05)。通过使用广义多因子降维法(generalized multifactor dimensionality reduction,GMDR)或多因子降维法(multifactor dimensionality reduction,MDR)和Plink1.07软件对它们的交互作用进行研究来寻找这6个SNP点相对应的基因之间可能的交互作用机制与AD易感性之间的相关性。研究目的研究我们AD课题组既往报道的中国汉族人群AD中最显著的6个SNP位点的遗传模型及其相对应的基因之间交互作用对特异性皮炎易感性的影响。实验材料和方法所有入选样本来均自以往我们研究团队GWAS研究的汉族人群,包括4,636例AD患者(男性2,766例,女性1,870例,平均年龄5.45岁)和13559例正常对照(男性7,159例,女性6,400例,平均年龄28.01岁)。在本研究中,所选样本均来源于全国多家医院,病例的诊断都由至少两名经验丰富的皮肤科医生根据Hanifin-Rajka AD诊断标准诊断。所有样本临床资料在经过全身的临床检查后收集而其他所有病例与对照的一般资料都是通过结构化的调查问卷收集。所有对照都是健康人群,没有特应性皮炎、其他特应性疾病、系统性疾患或特应性皮炎家族史(包括一级、二级和三级血缘亲属)。6个P值(均小于10E-05)最显著的SNPs rs3126085(FLG/1q21.3),rs12085366(ATP6V1G3/1q31.3),rs7701890(TMEM232-SLC25A46/5q22.1),rs17173197(PRKAG2/7q36.1),rs2393903(ZNF365/10.21.2),and rs6010620(TNFRSF6B-ZGPAT/20q13.33)在多阶段的GWAS中均显示与AD相关。我们对这6个SNPs进行了基因-基因交互作用研究。并用卡方检验、Fisher’确切概率法(当理论频数小于5时)对基因型频率进行了统计学分析。这6个SNP位点的遗传模型(叠加模型、显性模型和隐性模型)的判断是基于相关的显著性水平的最大值(通过统计学比较时的P值大小决定)。用多因子降维法(Multifactor dimensionality reduction,MDR)评价相对应的变异基因之间的交互作用与AD易感性之间的关系。交互作用各模型之间的评价是基于测试平衡精确度(Testing balanced accuracy,TBA)、交叉验证的恒定性(Cross-validation consistency,CVC)和交互作用模型的统计学显著性。TBA测量的是以病例/对照比值大小来准确分组的概率,CVC评价的是个体分组的恒定性。其中TBA〉0.50,P10E-08,CVC取最大值。结果遗传模型分析结果提示,显性模型最适合用于描述的SNP为rs3126085,与AD相关性的统计学显著性为3.21E-12;此外,显性模型也最适合用于描述SNP rs12085366和rs7701890,与AD的相关性的统计学显著性分别为5.27E-04和9.23E-08。隐性模型最适于描述的SNP为rs17173197,相关的统计学显著性为4.39E-20;累加模型适于描述SNP rs6010620和rs2393903,相关统计学显著性分别为2.24E-07和1.10E-09。AD易感基因-基因交互作用分析结果表明两位点模型PRKAG2×FLG SNPs(rs17173197×rs3126085,Pcombined=1.11E-15),PRKAG2×TMEM232-SLC25A46 SNPs(rs17173197×rs7701890,Pcombined=2.22E-15),PRKAG2 and TNFRSF6B-ZGPAT SNPs(rs17173197×rs6010620,Pcombined=6.66E-16)以及三位点模型PRKAG2×TMEM232-SLC25A46×TNFRSF6B-ZGPAT(rs17173197 x rs7701890 x rs6010620,Pcombined=5.99E-15)基因间存在交互作用。结论本研究表明交互作用两位点模型PRKAG2×FLG,PRKAG2×TMEM232-SLC25A46,PRKAG2×TNFRSF6B-ZGPAT以及交互作用三位点模型PRKAG2×TMEM232-SLC25A46×TNFRSF6B-ZGPAT增加中国汉族人群AD患者的发病风险。
【关键词】：特应性皮炎 交互作用 全基因组关联研究 多因子降维法
【学位授予单位】：安徽医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2015
【分类号】：R758.2
【目录】：

• 英文缩略词表6-7
• 中文摘要7-10
• 英文摘要10-13
• 1.引言13-19
• 2.实验材料与方法19-29
• 2.1 研究对象基本资料19
• 2.2 问卷调查表设计19-21
• 2.3 临床资料与样本收集21-22
• 2.4 实验试剂22
• 2.5 实验器材22-23
• 2.6 分析软件23
• 2.7 实验方法与步骤23-28
• 2.8 数据分析28-29
• 3.结果29-35
• 3.1 研究对象基本信息29-30
• 3.2 各研究基因遗传模型分析30
• 3.3 遗传变异的交互作用分析30-35
• 4.讨论35-38
• 4.1 各研究基因的生物学功能35-36
• 4.2 基因交互作用模型与AD易感性可能的生物学机制分析36-38
• 4.2.1 PRKAG2 xFLG交互作用与AD的关系36-37
• 4.2.2 PRKAG2 xTMEM232-SLC25A46交 互作用与AD的 关系37
• 4.2.3 PRKAG2 xTNFRSF6B-ZGPAT交互作用与AD的关系37
• 4.2.4 PRKAG2 x TMEM232-SLC25A46xTNFRSF6B-ZGPAT交互作用与AD的关系37-38
• 5.结论38-39
• 5.1 遗传模型分析38
• 5.2 基因-基因交互作用分析38-39
• 6.参考文献39-47
• 附录47-49
• 致谢49-51
• 课题综述51-57
• 参考文献55-57

【参考文献】

中国期刊全文数据库 前3条

1 刘立亚;陈立章;李战战;李亮;王冕;屈健;薛静;;TOMM7遗传变异及基因-环境交互作用与我国侗族人群2型糖尿病的关联研究[J];中南大学学报(医学版);2015年01期

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3 Patricia Sarlos;Dalma Varszegi;Veronika Csongei;Lili Magyari;Luca Jaromi;Lajos Nagy;Bela Melegh;;Susceptibility to ulcerative colitis in Hungarian patients determined by gene-gene interactions[J];World Journal of Gastroenterology;2014年01期

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本文编号：386984