利用外显子组测序技术筛选肝内胆管癌突变基因及验证USP17基因

发布时间：2017-07-16 08:04

  本文关键词：利用外显子组测序技术筛选肝内胆管癌突变基因及验证USP17基因

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【摘要】：目的：利用深度测序技术探究肿瘤形成过程中相关的遗传改变,希望找到与肝内胆管癌形成和进展相关的体细胞突变基因,为研究肝内胆管癌病因,探寻合适的肿瘤诊断标记物及治疗靶点提供更多理论依据。方法：①收集中国人民解放军总医院肝胆外科2014年5月至2014年12月经手术治疗的5例肝内胆管癌患者癌组织及相应癌旁组织,进行外显子组捕获测序,经生物信息学分析后挑选出候选基因。②收集来自中国人民解放军总医院肝胆外科2014年5月-2015年9月的肝内胆管癌手术切除49例癌组织以及对应癌旁肝组织(含以上高通量测序标本),其中肝外转移组15例,非转移组34例。设计引物,PCR扩增目的片段后进行Sanger测序,验证深度测序结果,比较转移组与非转移组中目的基因突变率差异。③采集中国人民解放军总医院病理科保存的2015年9月至2016年1月肝内胆管癌术后标本制成的蜡块,癌组织及对应癌旁组织各36例。采用免疫组化的方法观察USP17蛋白表达水平在癌组织与癌旁组织,及癌组织转移组与非转移组当中的差异。结果：经过对5对样本的深度测序及生物信息学分析,筛选出USP17L10.SPDYE1、 LRRC37A3、SIMC1、TPSD1、PRAMEF18、TBC1D3G、OBSCN等在肝内胆管癌中新发现的8个基因的12个SNV位点作为候选突变基因位点。扩大样本量行Sanger测序发现在49例肝内胆管癌组织DNA中发现7例发生了与深度测序突变位点相同的USP17L10点突变,突变频率为14.3%,即在4号染色体基因组9213473位置(该基因序列1091位置,NM_001256852.1)发生GC点突变,为错义突变,AGT-→ACT,丝氨酸变为苏氨酸,杂合子突变型。癌旁组织未见该突变。7例突变标本中5例发生在15例转移组中(33.3%),2例发生在34非转移组中(5.9%),转移组与非转移组的突变率有统计学显著性差异(P0.05)。免疫组化显示36例肝内胆管癌组织中存在16例USP17阳性(44.4%),36例癌旁组织中5例阳性(13.9%),且两者阳性率有统计学显著性差异(P0.05)。16例阳性癌组织中,6例属转移组,10例为非转移组,两者阳性率差异无统计学意义(P0.05)。结论:USP17基因突变可能与肝内胆管癌发生发展相关,并与肿瘤的肝外转移关联。USP17蛋白在癌组织中的表达水平高于癌旁组织。USP17基因突变在肝内胆管癌中的作用机制尚有待进一步深入研究。
【关键词】：肝内胆管癌 深度测序 全外显子组 基因突变 Sanger测序 USP17
【学位授予单位】：中国人民解放军医学院
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R735.8
【目录】：

• 中文摘要5-7
• Abstract7-9
• 前言9-11
• 第一部分 全外显子深度测序及数据分析11-25
• 1. 材料与方法11-19
• 2. 结果19-24
• 3. 小结24-25
• 第二部分 Sanger直接测序对结果验证25-33
• 1. 材料与方法25-29
• 2. 结果29-31
• 3. 小结31-33
• 第三部分 免疫组化探究蛋白水平变化33-37
• 1. 材料与方法33-35
• 2. 结果35-36
• 3. 小结36-37
• 讨论37-39
• 参考文献39-43
• 文献综述：肝内胆管癌分子发病机制的研究进展43-58
• 参考文献48-58
• 中英文对照缩略词表58-59
• 攻读学位期间公开发表的论文59-60
• 致谢60-61

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本文编号：547679