微小RNA miR-449a在不同分子亚型乳腺癌中的表达及生物信息学分析

发布时间：2017-07-19 10:27

  本文关键词：微小RNA miR-449a在不同分子亚型乳腺癌中的表达及生物信息学分析

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【摘要】：目的：探讨miR-449a和其潜在靶蛋白抗凋亡蛋白(Bcl-2)在不同分子亚型乳腺癌组织中的表达情况及其临床应用价值；采用生物信息学方法对miR-449a靶基因进行提取和富集分析,进一步探究其生物学功能及调控机制；探讨miR-449a和其潜在靶蛋白抗凋亡蛋白(Bcl-2)在不同分子亚型乳腺癌组织中的表达情况及其临床应用价值；系统评价Bcl-2在乳腺癌中的表达水平及其与临床病理特征的关系。方法：肿瘤基因图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中下载505例存在临床参数信息的miR-449a的表达数据,统计miR-449a的表达与临床参数的关系。选取58例不同分子亚型乳腺癌石蜡标本以及两株乳腺癌细胞系,采取qRT-PCR检测miR-449a在不同亚型中的相对表达量以及与临床病理参数的关系。进一步利用靶基因预测软件预测miR-449a的靶基因,通过DAVID数据库进行GO功能注解,I KEGG通路分析以及编码蛋白相互作用网络分析。收集女性乳腺癌及相应癌旁组织石蜡标本123例,其中Luminal A型30例,Luminal B型31例,HER2过表达型33例,三阴性(TNBC)29例。采用免疫组织化SP法检测Bcl-2蛋白的表达情况。通过计算机检索中国知网、维普中文科技期刊、万方等中文数据库,并辅以手工检索,评价质量及提取资料后采用Stata11.0软件对数据库进行系统评价。结果：TCGA数据统计分析结果显示：miR-449a的表达与淋巴结转移、ER、PR、HER2状态存在相关性,差异有统计学意义(P0.05)。实验结果显示：较癌旁正常组织相比,miR-449a在乳腺癌组织中表达下调(P0.05),其相对表达量为0.36±0.35。其表达水平在四种不同分子亚型之间没有明显差异(P0.05)。miR-449a的表达量与肿瘤的TNM分期和淋巴结转移有明显相关(P0.05),而与年龄,肿瘤直径,组织学分级,病理类型,ER、PR、HER2的状态无相关性(P0.05)。生物信息学结果表明：miR-449a靶基因主要富集在细胞增殖、转录调控和代谢、DNA特异性结合和酶结合、细胞骨架等分子过程上。KEGG通路分析涉及MAPK信号通路、P53信号通路、慢性粒细胞白血病、小细胞肺癌等疾病通路,此外还与细胞周期、内吞作用等有关。靶基因编码蛋白网络分析结果显示核心基因BCL2、SRC、 NOTCH1、HDAC1、CCND1、CDK6在相互作用网络中起到稳定结构的作用。在123例乳腺癌组织中,Bcl-2的阳性率77.2%(95/123),癌旁组织的阳性率为60.2%(74/123),Luminal A型、Luminal B型、HER2过表达型和三阴性癌组织中的表达率分别为86.7%(26/30)、90.3%(28/31)、72.7%(24/33)和58,6%(17/29)。乳腺癌组织中,Bcl-2阳性率较癌旁组织高,P0.05(χ2=8.337)。各分子亚型之间的差异显著(χ2=8.337,P0.05),Bcl-2蛋白在Luminal A、Luminal B型中的表达较三阴性高。Bcl-2的表达与肿瘤TNM分期有关(P0.05),与年龄、肿瘤直径、组织学分级、淋巴结转移等临床病理特征无明显相关性。Spearman's相关分析显示,Bcl-2的表达与miR-449a表达具有负相关性(r=-0.299,P0.05)。Meta分析结果显示：Bcl-2在乳腺癌组及正常对照组[比值比(odds ratio,OR)=0.956,95%可信区间(confidence interval, CI)=0.469-1.950]的表达差异无统计学意义(P0.05)。临床病理结果显示：Bcl-2在乳腺癌表达水平与患者年龄、肿瘤直径、有无淋巴结转移、TNM分期无关(P0.05),而与组织学分级有关。Spearman等级相关分析显示Bcl-2与ER、PR阳性率在乳腺癌中表达具有相关性(P0.05),相关系数(r)分别为0.363,0.254。结论：miR-449a在乳腺癌组织中表达下调,其靶基因参与调控多个生物学过程和信号转导通路,提示其异常表达可能在乳腺癌的发生发展中发挥重要作用。Bcl-2在不同分子亚型乳腺癌中表达有差异,且与ER, PR表达存在相关性,与miR-449a的表达存在负相关。miR-449a可能潜在靶向Bcl-2参与乳腺癌的进程。
【关键词】：乳腺癌 miR-449a 靶基因 Bcl-2 分子亚型
【学位授予单位】：广西医科大学
【学位级别】：硕士
【学位授予年份】：2016
【分类号】：R737.9
【目录】：

• 个人简历3-5
• 中文摘要5-8
• 英文摘要8-11
• 前言11-17
• 参考文献14-17
• 第一部分 微小RNA miR-449a在乳腺癌组织中的表达及临床意义17-40
• 前言17-18
• 材料与方法18-29
• 结果29-35
• 讨论35-37
• 结论37-38
• 参考文献38-40
• 第二部分 miR-449a潜在靶基因的生物信息学分析40-54
• 前言40-41
• 材料与方法41-43
• 结果43-49
• 讨论49-51
• 结论51-52
• 参考文献52-54
• 第三部分 miR-449a与其潜在靶蛋白Bcl-2的关系研究54-84
• 前言54-55
• 材料与方法55-59
• 结果59-63
• 讨论63-75
• 结论75-76
• 参考文献76-84
• 全文总结84-86
• 综述86-101
• 参考文献93-101
• 附录101-103
• 致谢103-105
• 攻读学位期间发表的学术论文105

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本文编号：562430