北美鹅掌楸CPP转录因子家族LtTCX2基因的克隆与分析

发布时间：2024-03-20 18:29

　　CPP(cystein-richpolycomb-likeproteinor Tesmin/TOS1-like)家族属于成员数目较少的一类转录因子基因家族,含有保守的富含Cystein的CRC结构域,在植物发育进程中,主要参与花发育、细胞分裂、分子进化等。为了探索CPP转录因子家族在北美鹅掌楸花发育中的作用,该文以北美鹅掌楸(Liriodendron tulipifera)为材料,采用RACE技术克隆出1个CPP-like家族基因,命名为LtTCX2,全长2 866 bp。通过NCBI网站在线分析,ORF长2 424 bp,编码了807个氨基酸,含2个保守的TSO1-like CXC结构域,分子量为88 699.25 Da,理论等电点为5.83,不稳定系数为62.38,疏水性平均值为-0.619,预测为亲水性蛋白、非跨膜蛋白、核蛋白,不含信号肽及切割位点。氨基酸比对及系统进化分析结果显示,LtTCX2与其他物种的CPP家族TCX蛋白具有较高的同源性,与亚洲莲(Nelumbo nucifera)的NnTCX2、胡杨(Populus euphratica)的PeTCX2进化关系最近。荧光定...

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【部分图文】：

图1北美鹅掌楸8个组织总RNA提取完整性检测

将北美鹅掌楸花芽、根、叶、茎、萼片、花瓣、雄蕊、雌蕊共8个组织的总RNA按照多糖多酚植物总RNA提取试剂盒(离心柱型)提取RNA。通过1%凝胶电泳检测RNA完整性，发现28S和18SrRNA两条带亮度为1.5～2倍，无明显弥散片状、条带消失现象，且OD260/280、OD260....

图2LtTCX2基因克隆电泳图

从北美鹅掌楸转录数据库中筛选1个CPP-like家族unigene，总长度3174bp，通过设计引物依次进行中间片段扩增、3"RACE扩增、5"RACE扩增，回收产物进行连接转化，挑选阳性克隆送至公司测序，拼接出目的基因的完整序列。鉴于LtTCX2基因片段过长，将其中间片段分....

图5LtTCX2蛋白二级、三级结构预测

在NCBI上搜索已经发表的CPP-like家族的蛋白序列，除了氨基酸同源性分析的15个蛋白，还包括胡杨(XP＿011026909.1;XP＿011039720.1;XP＿011019786.1)、银白杨(TKR83702.1)、拟南芥(NP＿001328549.1;NP＿0013....

图3北美鹅掌楸LtTCX2蛋白的结构域预测

将ORF编码的蛋白序列通过ExPASyProtParam在线分析氨基酸组成、含量、分子量等。LtTCX2蛋白总分子式为C3819H6084N1096O1256S39，分子量为88699.25Da，由807个氨基酸残基组成，理论等电点为5.83，带正电荷(Arg+Lys)的氨....

本文编号：3933120