多位点全基因组关联分析ISIS EM-BLASSO方法软件包的研制

发布时间：2024-06-16 09:10

　　动植物中绝大多数与人类经济相关的重要性状都是数量性状,解析数量性状的遗传基础,将会对动植物的遗传改良和人类复杂疾病的防治有着非常重要的意义。目前,全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)是研究数量性状最常用的方法。随着生物测序技术的快速发展,分析数以百万计的标记将成为常态。那么全基因组关联分析需要在有限样本中检测大量的SNP,将会面临着在高维度的数据集下的变量选择问题。虽然许多单标记方法能够解决此问题,但是这些方法因Bonferroni矫正而只能检测到较少QTN(quantitative trait nucleotide)。这些检测到的QTN遗传率之和远小于性状遗传率,显然丢失了不少的QTN。为克服这个问题,本实验室提出了一系列多位点全基因组关联分析新算法,ISIS EM-BLASSO(Iterative modified-Sure Independence Screening EM-BayesianLASSO)就是其中之一。为了让应用工作者更方便的使用新方法,本研究开发了基于R软件的windows界面ISIS EM-BLASSO...

【文章页数】：82 页

【学位级别】：硕士

【部分图文】：

图２－１．?ＩＳＩＳ?ＥＭ－ＢＬＡＳＳＯ软件包的算法流程图（Ｔａｍｂａ等，２０１?

复一次筛选变量的过程，直到减少到中等数目的变量个数为止。第二步是值的估计阶??段，对第一阶段筛选出来的潜在关联的ＳＮＰ，用ＥＭ－Ｂａｙｅｓｉａｎ?ＬＡＳＳＯ方法估计这些??ＳＮＰ的效应值，用似然比检验计算其ＬＯＤ值。如图２－１表示本软件的算法流程图，??此图来自于Ｔａｍｂａ等（２....

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本文编号：3995195