志贺菌中CRISPR/Cas系统的检测及其与毒力基因的关系
发布时间：2021-06-15 22:14
志贺菌可导致菌痢,其致病性主要在于毒力因子的编码产物对粘膜上皮的毒性和侵袭作用,部分毒力基因存在于噬菌体和质粒等可移动的遗传元件上,可通过HGT方式在细菌中传播导致更多高毒菌株的出现。CRISPR/Cas系统是近年来发现的细菌处理质粒以及噬菌体等外源物质的原核生物的免疫系统。因为此系统对于细菌遗传物质的整合和获得具有重要作用,导致CRISPR/Cas系统受到越来越多的关注。目前关于志贺菌CRISPR/Cas系统的研究较少,且关于志贺菌中该系统与毒力基因的关系的研究尚未见报道。目的探索志贺菌中CRISPR/Cas系统的分布及特征,初步探讨该系统与毒力基因的关系。方法1.根据Gen Bank中宋内志贺菌53G和Ss046以及福氏志贺菌2457T的CRISPR及cas基因的序列信息,利用Primer designing tool在线软件设计引物。2.对实验室保存的59株志贺菌中CRISPR及cas2-cas1、cas6e-cas5、cas7、cse2、cse1-cas3基因进行PCR扩增和测序,并通过生物信息学软件对序列进行分析。3.PCR扩增志贺菌毒力基因ipa H、ial、ipa BCD...
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
扩增CRISPR所需引物在志贺菌基因组中的位置
图 3.1 志贺菌 CRISPR 的 PCR 扩增结果Aladder Marker，M2： DL2000Marker。1-3 分别对应基 和 2B，CRISPR2；3A 和 3B，CRISPR3。RISPR 相关蛋白基因的 PCR 扩增结果包含 CRISPR1/Cas 系统退化的菌株）志贺菌的 C 扩增。以菌株 A(mel-sf2006242/zz)和菌株 B (me菌株 A 和 B 的 cas2-cas1 基因的扩增产物长度大cas5 基因片段长度（2600bp）较菌株 B（1300bp因片段中含有插入序列；菌株 A 和 B 的 cas7 基因 A 的 cse2 基因片段长度（1600bp）较菌株 B 长，；菌株 A 和 B 的 cse1-cas3 的基因片段长度约为
图 3.2 志贺菌 CRISPR 相关蛋白基因的 PCR 扩增结果L3000Marker，M2：100bp DNAladder Marker.A和B分别代表菌株mel-sff2008123/zz。1-6 分别对应基因如下：1A 和 1B，cas2-cas1；2A 和 2B，ca，cas7；4A 和 4B，cse2；5A 和 5B，cse1-cas3。贺菌 CRISPR 的测序结果分析I-E 型 CRISPR/Cas 系统结果分析贺菌 CRISPR1 的 PCR 扩增结果进行测序发现：47 株志贺菌可序列和间隔序列；在剩余的 12 株福氏志贺菌中仅可检测到部分重复序列。通过对 CRISPR1 的分析发现[7]：间隔序列数目最多2 个，一共发现 15 条特异间隔序列。不含间隔序列的菌株有 1目为 2 的 28 株志贺菌，不论血清型为宋内志贺菌（6 株）还2 株）其间隔序列是完全相同的；含有 3 条间隔序列的菌株有 1
【参考文献】：
期刊论文
[1]临床分离志贺菌中CRISPR/Cas系统的分布及其与毒力基因的关系[J]. 郭向娇,王颖芳,段广才,王琳琳,王鹏飞,杨海燕,郗园林. 微生物学通报. 2015(03)
[2]妊娠期伤寒沙门菌感染的相关因素分析[J]. 沈美娜,李析蒨,王慧. 中华医院感染学杂志. 2014(18)
[3]金黄色葡萄球菌产肠毒素规律的初步研究[J]. 冯翠兰,刘富来. 中国兽医杂志. 2014(06)
[4]幽门螺杆菌感染与胃癌[J]. 周丽雅,宋志强. 中华内科杂志. 2014 (05)
[5]多重耐药志贺菌临床分离株耐药基因检测及指标聚类分析[J]. 叶金艳,祝建军,李英龙,李永祥,杜玉海,李桂军,高雯洁,顾蓓青,吴晓燕,宋秀兰. 中国人兽共患病学报. 2013(09)
[6]CRISPR/Cas9新型基因打靶系统的研究进展[J]. 李辉,施振旦. 江苏农业学报. 2013(04)
[7]CRISPR/Cas9介导的基因组定点编辑技术[J]. 方锐,畅飞,孙照霖,李宁,孟庆勇. 生物化学与生物物理进展. 2013(08)
[8]志贺菌致病的分子机制[J]. 师润,陈陆,王川庆. 中国人兽共患病学报. 2012(10)
[9]结核分枝杆菌基因组学与基因组进化[J]. 宛宝山,张秋芬,周爱萍,赵国屏,姚玉峰. 生物化学与生物物理进展. 2012(07)
[10]一例霍乱带菌者携带两株霍乱弧菌的生物学特性研究[J]. 罗芸,叶菊莲,张政,金大智,程苏云,崔志刚,周海健. 中国卫生检验杂志. 2012(05)
硕士论文
[1]志贺菌中CRISPR的分布及其结构特征[D]. 薛泽润.郑州大学 2014
[2]河南省福氏志贺菌株中毒力相关基因及She毒力岛的分布研究[D]. 戴广明.大连医科大学 2008
本文编号：3231859
【文章来源】：郑州大学河南省 211工程院校
【文章页数】：71 页
【学位级别】：硕士
【部分图文】：
扩增CRISPR所需引物在志贺菌基因组中的位置
图 3.1 志贺菌 CRISPR 的 PCR 扩增结果Aladder Marker，M2： DL2000Marker。1-3 分别对应基 和 2B，CRISPR2；3A 和 3B，CRISPR3。RISPR 相关蛋白基因的 PCR 扩增结果包含 CRISPR1/Cas 系统退化的菌株）志贺菌的 C 扩增。以菌株 A(mel-sf2006242/zz)和菌株 B (me菌株 A 和 B 的 cas2-cas1 基因的扩增产物长度大cas5 基因片段长度（2600bp）较菌株 B（1300bp因片段中含有插入序列；菌株 A 和 B 的 cas7 基因 A 的 cse2 基因片段长度（1600bp）较菌株 B 长，；菌株 A 和 B 的 cse1-cas3 的基因片段长度约为
图 3.2 志贺菌 CRISPR 相关蛋白基因的 PCR 扩增结果L3000Marker，M2：100bp DNAladder Marker.A和B分别代表菌株mel-sff2008123/zz。1-6 分别对应基因如下：1A 和 1B，cas2-cas1；2A 和 2B，ca，cas7；4A 和 4B，cse2；5A 和 5B，cse1-cas3。贺菌 CRISPR 的测序结果分析I-E 型 CRISPR/Cas 系统结果分析贺菌 CRISPR1 的 PCR 扩增结果进行测序发现：47 株志贺菌可序列和间隔序列；在剩余的 12 株福氏志贺菌中仅可检测到部分重复序列。通过对 CRISPR1 的分析发现[7]：间隔序列数目最多2 个，一共发现 15 条特异间隔序列。不含间隔序列的菌株有 1目为 2 的 28 株志贺菌，不论血清型为宋内志贺菌（6 株）还2 株）其间隔序列是完全相同的；含有 3 条间隔序列的菌株有 1
【参考文献】：
期刊论文
[1]临床分离志贺菌中CRISPR/Cas系统的分布及其与毒力基因的关系[J]. 郭向娇,王颖芳,段广才,王琳琳,王鹏飞,杨海燕,郗园林. 微生物学通报. 2015(03)
[2]妊娠期伤寒沙门菌感染的相关因素分析[J]. 沈美娜,李析蒨,王慧. 中华医院感染学杂志. 2014(18)
[3]金黄色葡萄球菌产肠毒素规律的初步研究[J]. 冯翠兰,刘富来. 中国兽医杂志. 2014(06)
[4]幽门螺杆菌感染与胃癌[J]. 周丽雅,宋志强. 中华内科杂志. 2014 (05)
[5]多重耐药志贺菌临床分离株耐药基因检测及指标聚类分析[J]. 叶金艳,祝建军,李英龙,李永祥,杜玉海,李桂军,高雯洁,顾蓓青,吴晓燕,宋秀兰. 中国人兽共患病学报. 2013(09)
[6]CRISPR/Cas9新型基因打靶系统的研究进展[J]. 李辉,施振旦. 江苏农业学报. 2013(04)
[7]CRISPR/Cas9介导的基因组定点编辑技术[J]. 方锐,畅飞,孙照霖,李宁,孟庆勇. 生物化学与生物物理进展. 2013(08)
[8]志贺菌致病的分子机制[J]. 师润,陈陆,王川庆. 中国人兽共患病学报. 2012(10)
[9]结核分枝杆菌基因组学与基因组进化[J]. 宛宝山,张秋芬,周爱萍,赵国屏,姚玉峰. 生物化学与生物物理进展. 2012(07)
[10]一例霍乱带菌者携带两株霍乱弧菌的生物学特性研究[J]. 罗芸,叶菊莲,张政,金大智,程苏云,崔志刚,周海健. 中国卫生检验杂志. 2012(05)
硕士论文
[1]志贺菌中CRISPR的分布及其结构特征[D]. 薛泽润.郑州大学 2014
[2]河南省福氏志贺菌株中毒力相关基因及She毒力岛的分布研究[D]. 戴广明.大连医科大学 2008
本文编号：3231859
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