MERS-CoV棘突蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析

发布时间：2021-06-16 03:28

　　目的应用生物信息学方法分析中东呼吸综合征冠状病毒（Middle East respiratory syndrome coronavirus,MERS-CoV）棘突蛋白（Spike,S）的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。结果 MERS-CoV的S蛋白氨基酸序列基本保守,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。综合各种单参数预测MERS-CoV S蛋白可能存在4个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和5个Th细胞表位。方法以MERS-CoV S蛋白的氨基酸序列一级结构为基础分析其保守性,采用ProtParam预测S蛋白的理化特性,SOPMA预测其二级结构,MotifScan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具预测CTL和Th细胞表位。结论生物信息学方法预测MERS-CoV S蛋白氨基酸保守序列,该蛋白可能含有B/T细胞抗原表位,为MERS-CoV疫苗研制及其他相关研究奠定了基础。 

【文章来源】：中国病原生物学杂志. 2017,12(07)北大核心CSCD

【文章页数】：4 页

【部分图文】：

图２ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的Ｂ细胞表位Ｆｉｇ．２ＴｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌＢｃｅｌｌｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ

激酶Ｃ磷酸化位点１７２５－２７，１３９－１４１，２２７－２２９，２６７－２６９，２８９－２９１，２９９－３０１，３０５－３０７，４５１－４５３，６１２－６１４，６９２－６９４，７４６－７４８，７４９－７５１，８４５－８４７，８５２－８５４，８８５－８８７，９１９－９２１，１１１１－１１１３酪氨酸激酶磷酸化位点３６９８－７０４，８０１－８０９，１１７９－１１８６ｃＡＭＰ和ｃＧＭＰ依赖的蛋白激酶磷酸化位点１６９９－７０２图２ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的Ｂ细胞表位Ｆｉｇ．２ＴｈｅｐｏｔｅｎｔｉａｌＢｃｅｌｌｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ讨论ＭＥＲＳ－ＣｏＶ是一种新型冠状病毒，自２０１２年４月起在中东地区出现并流行，目前亚洲、欧洲、非洲和美洲的２６个国家相继报告有ＭＥＲＳ病例，这些原发病例均有中东旅行史。在２０１５年５－７月，韩国发生了大规模ＭＥＲＳ疫情，同年５月底我国也出现了１例来自韩国的输入性病例，因此亟需开发有效的疫苗预防ＭＥＲＳ－ＣｏＶ感染。表位疫苗由于针对性强、毒副作用孝制备简单、运输保存容易等优点成为疫苗研制的热点［１５］。传统的Ｘ－晶体衍射法和免疫实验法费时费力且周期长，采用生物信息学方法预测蛋白特性倍受关注［１６］。表３ＭＥＲＳ－ＣｏＶＳ蛋白的潜在ＣＴＬ细胞表位Ｔａｂｌｅ３ＰｏｔｅｎｔｉａｌＣＴＬｅｐｉｔｏｐｅｓｏｆＳｐｒｏｔｅｉｎｏｆＭＥＲＳ－ＣｏＶ序号Ｏｒｄｅｒ位置Ｔｈｅｐｏｓｉｔｉｏｎｏｆａｍｉｎｏａｃｉｄｓ序列Ｔｈｅｓｅｑ

【参考文献】：
期刊论文
[1]中东呼吸综合征冠状病毒重组疫苗研究进展[J]. 胡慧祯,沈宇清.  病毒学报. 2016(04)
[2]H5N1亚型流感病毒血凝素（HA）蛋白的表达鉴定及免疫原性研究[J]. 孟令楠,任志广,冀显亮,于竟杰,李元果,李胜楠,于志君,孙伟阳,国娇,赵永坤,王铁成,冯娜,王化磊,杨松涛,高玉伟,夏咸柱,胡桂学.  中国病原生物学杂志. 2016(03)
[3]中东呼吸综合征冠状病毒刺突蛋白特征分析[J]. 王国戗,王小方,汪磊,潘亚晶,张磊,仲华,张华丽,范艳茹,武艳伟,林志强.  中国病原生物学杂志. 2016(02)
[4]2.3.2.1c家系H5N1禽流感病毒在我国的持续传播与进化[J]. 王海明,陈占强,张振杰,吕强,韦庆娟,童贻刚,安小平,孙淑红,史卫峰.  中国病原生物学杂志. 2016(02)
[5]刚地弓形虫亲环蛋白基因编码蛋白主要特性与抗原表位的生物信息学分析[J]. 王芬,王海龙,殷丽天,孟晓丽,刘红丽,殷国荣.  中国病原生物学杂志. 2013(05)
[6]H5N1型高致病性禽流感病毒血凝素蛋白及神经氨酸酶的B细胞抗原表位预测[J]. 赵奇,王远强,林勇,吴玉章,林治华.  免疫学杂志. 2010(05)
[7]病毒抗原糖基化与免疫关系的研究进展[J]. 杨依丽,吴军.  生物技术通讯. 2008(05)



本文编号：3232267